Habiendo servido brevemente como organista en la corte de Hohenzollern en Hechingen en 1586, volvió a Munich el año siguiente, llegando a ser primer organista de la catedral en 1589. Permaneció en ese puesto hasta su muerte. En 1609 se convirtió en compositor de la corte del duque

Se casó poco antes de 1590 y tuvo cuatro hijos. Junto con su hermano Ferdinand reunió y publicó el "Magnus opus musicum" (1604), el enorme aunque incompleto corpus de los motetes de su padre. Rudolph se estableció como compositor a través de su parte, la mitad, de la música de salmos de Ulenberg publicada en 1588 (las contribuciones de Rudolph alternan regularmente con las de Orlande en este volumen).

La influencia de su padre fue importante; algunas de las composiciones de Magnificat de Rudolph son remedos de obras de Orlande. Fue tan lejos, sin embargo, como para escribir algunas obras haciendo uso de contrapunto y de dúos de soprano en el estilo de principios del siglo XVII. Rudolph fue un compositor bastante prolífico y puede merecer estudio aparte del tema de la influencia de su padre.