Permaneció allí hasta 1672 y recibió una excelente educación musical bajo François Chaperon; el joven Michel-Richard de Lalande fue su compañero de estudios. Probablemente fue allí que Marais empezó a aprender a tocar la viola antes de completar sus estudios con el famoso intérprete de viola da gamba Sainte-Colombe. Se dice que había superado a su maestro después de seis meses, por lo que pronto (alrededor de 1675) estaba tocando en la orquesta de la Opéra en París. Su gran destreza al tocar la viola da gamba le llevó en 1676 a dirigirse a Versases para actuar como violista en la corte francesa de Luis XIV. Gracias a Lully, director de la Opéra, tomó parte en la primera presentación de "Atys" en la corte en 1676, el año de su matrimonio con Catherine Damicourt, y siguió allí su carrera instrumental desde 1679 como ‘Ordinaire de la musique de la chambre du roi’. Entró en la orquesta real como solista y aproximadamente al mismo tiempo se volvió miembro de la orquesta de la Acadèmie Royale de Musique.

En el último puesto tocó bajo la dirección de Lully, que después fue su maestro de composición. Habiendo recibido un entrenamiento excelente de Lully, pronto se convirtió en un compositor. En 1686 publicó su primera colección de piezas para viola, y compuso un “Idylle dramatique” realizado en Versailles ‘en presencia de toda la corte'. Fue bien recibido. Después también escribió motetes, pero fue en la música instrumental y dramática donde se distinguió. Marais pasó el resto de su vida tocando y componiendo, y también engendrando diecinueve hijos, algunos de los cuales se volvieron figuras importantes en la vida musical francesa.

Edición discográfica de obras de Marin Marais

Mantuvo este puesto a lo largo del reinado de Luis XIV y desde 1715 hasta 1725 sirvió bajo la Regencia y bajo Luis XV. Desde fines del siglo  XVII su fama se extendió más allá de las fronteras de Francia, y logró la cima de su carrera en 1706 con la primera representación de su tragédie en musique "Alcyone". En ese momento justamente había reemplazado a André Campra como batteur de mesure (director) de la orquesta de la Opéra y era amigo íntimo de Nicolas Bernier, que se casó con su hija Marie-Catherine en 1712. Después del fracaso de "Sémélé" en 1709, y enfrentando la seria competencia como virtuoso de la viola de Antoine Forqueray, Marais se retiró progresivamente de la vida pública.

Una de las figuras más destacadas de la floreciente escuela francesa de viola de gamba que surgió a final del XVII y se desarrolló a lo largo del siglo siguiente. Es el compositor más prolífico de música para viola da gamba y sus obras más importantes para éste instrumento fueron publicadas en cinco colecciones entre 1686 y 1725. Estas colecciones incluyen más de 550 composiciones para uno, dos y tres violas graves y bajo figurado. Todo los volúmenes fueron publicados originalmente por el compositor. Las “Pièces de Violes” representan un logro de gran alcance y originalidad. Históricamente constituyen el pleno florecimiento de una tradición musical francesa establecida; la culminación de un arte que tenía sus orígenes en el  siglo XVI.

Marin Marais fue la figura central en la escuela francesa de compositores e intérpretes de viola da gamba que floreció durante fines del siglo XVII y comienzos del siglo XVIII. Sus contemporáneos lo reconocieron como un intérprete excelente y un compositor de estatura, cuyas obras para la viola y la escena operística fueron conocidos más allá de los límites de Francia. También compuso óperas.