En 1601 ingresó como tiple en la Dresden Hofkapelle y así fue alumno también de Andreas Petermann, Präzeptor de los niños del coro. El 8 de mayo de 1609 fue admitido en Schulpforta, la escuela electoral cerca de Naumburg  que especializaba en música y humanidades, y más o menos al mismo tiempo, junto con su hermano Christian, se matriculó en la Universidad de Leipzig. Desde 1613 a 1618 estudió teología y filosofía en la Universidad de Wittenberg y poco antes de salir fundó un collegium musicum practicum.  En 1619 fue nombrado Kapellmeister de la Neue Kirche en Sondershausen, Thuringia, por los condes de Schwarzburg y Hohenstein. Cuando el fuego destruyó el castillo y la iglesia permaneció en Sondershausen durante unos años como funcionario de las oficinas gubernamentales.

Después de la muerte de Schein el 19 de noviembre de 1630, postuló para sucederlo como Kantor de la Thomaskirche, Leipzig. Fue escogido el 29 de diciembre, su nombramiento fue confirmado el 26 de abril de 1631 y se hizo cargo el 2 de junio. Una carta suy al consejo de la ciudad de Leipzig en 1633 (impresa en La Mara) revela algo sobre sus deberes como maestro en la Thomasschule y sobre las dificultades que encontró intentando mantener las normas altas del coro durante la Guerra de Treinta Años. Apoyó a Marco Scacchi en su disputa con Paul Siefert, y una carta suya para estos efectos fue impresa por Scacchi en su "Judicium cribri musici" (h. 1649). Disfrutó de relaciones amistosas con varios otros músicos y estudiosos, incluyendo a Scheidt, y escribió varias obras de circunstancia para personalidades cívicas y universitarias en Leipzig; ellas incluyen tres obras de 1650 celebrando el fin oficial de la guerra. En su entierro el 30 de junio de 1657, Martin Geyer, profesor de teología de la Universidad de Leipzig y predicador de la Thomaskirche, entregó la oración, y el servicio también incluyó una obra que Michael había escrito poco antes, "Christliche Gedanken" (En Angst und Noth).

Los logros principales de Michael como compositor son los dos volúmenes de Musicalische Seelenlust (1634–37), que fueron influenciados por modelos Italianizados. El primer volumen comprende 30 motets para cinco voces y continuo sobre textos bíblicos en aleman que en su ‘singularmente deliciosa manera madrigalista' son claramente reminiscentes de las piezas de "Israelis Brünlein" de Schein (1623). El segundo volumen contiene 50 conciertos sacros italianizados de varios tipos: los primeros 12 comprenden cada uno tres solo concertos para soprano, contralto, tenor y bajo, los siguientes 12 comprenden cada uno tres duet concertos para sopranos, contraltos, tenores y bajos, y los últimos 26 son concertos para varias voces solas con instrumentos obbligato, algunos con sinfonías y ritornellos.