Nació en Massa di Valdinievole, actualmente Massa e Cozzile, Pistoia, hijo de Francesco di Michelangelo Pasquini y María Gentile di Bartolomeo Castellani. Después de estudiar en Uzzano, cerca de Pescia, con el cura Mariotto Bocciantini, se trasladó a Ferrara, donde fue confirmado en 1650 y donde vivió con su tío Giovanni Pasquini, quien lo hizo estudiar con los mejores músicos activos en la ciudad. En 1650 cuando apenas tenía doce años, fue enviado a Roma, donde estudió música con Loreto Vittori, entonces cantor de la capilla pontificia, y después con Antonio Cesti. Su educación musical fue reforzada por el estudio de los maestros clásicos, principalmente Frescobaldi. El joven Pasquini no se limitó al estudio de la música, sino también estaba interesado en poesía y literatura. Según la Enciclopedia Italiana, escribió en estos medios, aunque ninguna otra fuente menciona algún esfuerzo en tal sentido de su parte.

Retrato de Bernardo Pasquini por Andrea Pozzo

En mayo-junio de 1653 y luego desde febrero de 1654 a noviembre de 1655 fue organista de la Accademia della Morte local. En diciembre de 1655 entró al servicio del noble romano Innocenzo Conti, lugarteniente general de las armas de la Iglesia, que lo condujo a Roma. No hay fundamento en la noticia de que habría estudiado con Antonio Cesti y Loreto Vittori, originado por el malentendido de ciertas declaraciones de Giuseppe Baini.

Desde 1660 en adelante, mencionado como 'Bernardo della Chiesa Nova', Pasquini está presente en las listas de músicos contratados para la música extraordinaria en Santa Maria Maggiore y al año siguiente en San Luigi dei Francesi y en San Ivo alla Sapienza; en esos años era en realidad organista en Santa Maria in Vallicella (Iglesia Nueva), donde probablemente asumió el cargo en octubre de 1657, reemplazando a Fabrizio Fontana, y permaneció allí hasta 1664. En febrero de ese año fue nombrado organista en Santa Maria Maggiore, obteniendo también el puesto de organista del Senado y del Pueblo Romano en la iglesia de Santa Maria in Aracoeli.

La inesperada entrada en funciones en los dos cargos en lugar del difunto organista Francesco Muzi hace presumir que la sustitución fue preparada desde mucho tiempo antes y que por lo tanto en ese tiempo Pasquini gozaba de una protección de altísimo rango: se supone que habría entrado en la órbita del cardenal Flavio Chigi , nieto de Alejandro VII, puesto que fue uno de los cuatro músicos que unos meses después el prelado llevó consigo en la misión político-diplomática a la corte de Francia, que tuvo lugar entre abril y octubre de 1664. No hay evidencia de la noticia de que Pasquini haya tocado frente a Luis XIV.

Mausoleo de Bernardo Pasquini en San Lorenzo, Lucina

En noviembre de 1667 Pasquini, enmarcado en roles como 'ayudante de cámara', entró al servicio de Giovan Battista Borghese, príncipe de Sulmona, con el considerable salario de diez escudos al mes, el disfrute de un apartamento en un palacio de la familia en la plaza Borghese y el puesto de organista en la capilla Borghese en Santa Maria Maggiore. Desde septiembre de 1669 hasta febrero de 1670 acompañó al príncipe y su esposa, Eleonora Boncompagni, en un viaje a Venecia que duró hasta el carnaval, en compañía de los colegas Carlo Mannelli, Francesco Verdone y Giuseppe Fede.

En octubre de 1672 Pasquini comenzó su carrera como compositor de ópera con "La sincerità con la sincerità" o "Il Tirinto", 'fábula dramática musical', de Giovanni Filippo Apolloni, puesta en escena en el palacio Chigi dde Ariccia bajo los auspicios de los académicos Sfaccendati, promovida y apoyada por el cardenal Chigi. Unos meses más tarde, durante el carnaval de 1673, se representó en el teatro de Tordinona su segunda ópera: "L’amore per vendetta" o "L’Alcasta" (drama de Apolloni, destinado originalmente a Antonio Cesti); para la misma temporada Pasquini metió mano a la partitura del "Eliogabalo" de Aurelio Aureli, música de Giovanni Antonio Boretti, añadiéndole un prólogo, algunas escenas cómicas y algunas arias.

A partir de los años setenta, Pasquini compuso por lo menos un oratorio y diversas cantatas espirituales para la capilla del palacio Borghese con ocasión de la novena de Navidad o para la Semana Santa, entre ellas el oratorio "Caino e Abele" (1671, texto de Apolloni); el Diálogo musical de "Christo portante la croce e pendente in quella" (1678) y "Christo orante": cantata a dos con instrumentos (1682). También compuso prólogos e intermedios para algunas comedias dadas en el palacio en el carnaval, como la "La Verità conosciuta" de Giuseppe Berneri (1676).

La dependencia del príncipe Borghese no limitó las oportunidades de empleo de Pasquini, más bien lo favoreció notablemente, lo que le permitió ampliar el círculo de sus clientes, en su mayoría relacionados con los Borghese por lazos familiares (Chigi, Pamphili, Pallavicini, Doria) o pertenecientes a la facción filo española, como el embajador de España Luis Francisco de la Cerda, marqués de Cogolludo, duque de Medinaceli. En los años setenta y ochenta muchos oratorios de Pasquini se llevaron a cabo bajo el patrocinio de destacadas personalidades en importantes instituciones romanas, y con frecuencia repetidos en otras ciudades (Ferrara, Módena, Viena, Faenza, Palermo, Lucca, Florencia): "Sant'Alessio" (1675, texto de Pietro Filippo Bernini, patrocinadora Cristina de Suecia) y "Sant'Agnese" (1678, texto y patrocinio de Benedetto Pamphili), fuerton dados en el oratorio de Santa María in Vallicella; "Agar" y "Assuero", ambos sobre texto de Bartolomeo Nencini, para la archiconfraternidad de Florentinos en 1675; después "Divae Clarae triumphus" (1682, texto de Francesco Noceti), bajo el patrocinio de Mario Mattei Orsini, duque de Paganica, dedicado a los príncipes de Neoburgo que entonces visitaban Roma; y "L’idolatria di Salomone" (1686, talvez de Lelio Orsini) en el colegio Clementino, probablemente con el patrocinio del cardenal Decio Azzolini. Disfrutó la protección de la Reina Cristina de Suecia, en cuyo honor compuso en 1679 la Opera “Dov'é amore é pieta”.

Edición discográfica de motetes y obras para órgano de Bernardo Pasquini

En 1687 Pasquini compuso una "Accademia per musica", texto de Alessandro Guidi, ejecutada en honor de James II de Inglaterra en el palacio Riario por iniciativa de Cristina de Suecia, con la participación -de acuerdo con el libro- de cinco solistas, un coro de 100 cantantes y una orquesta de 150 instrumentos con Arcangelo Corelli a la cabeza. Tras el cierre del teatro de Tordinona, Pasquini colaboró en los carnavales promovidos por grupos de aristócratas romanos en otras partes: en el teatro de los Bernini en el Corso, bajo la dirección del reconocido arquitecto Gian Lorenzo y de sus hijos, con la comedia musical "La donna ancora è fedele" (1676, drama de P. F. Bernini) e "Il Trespolo tutore balordo" (1677, obra dramática musical de Giovanni Cosimo Villifranchi, quizás modificada por Lorenzo Beatucci, tomada de una comedia de Giovan Battista Ricciardi); en el teatro Capranica, con "Dov’è amore è pietà" (1679, drama musical extraido, posiblemente por Giuseppe Domenico De Totis, de la "Ipermestra" de Giovanni Andrea Moniglia) y "L’Idalma" o "Chi la dura la vince" (1680, comedia musical de De Totis). En diciembre de 1680, en el Teatro del Casino de San Marco en Florencia, fue puesta en escena "Il Sidonio" (drama de Giuseppe Giacomini) encargado por los académicos Affinati y dedicado a su protector Francesco de Medicis. Otra obra de carácter heroico, "Il Lisímaco" (drama de Giacomo Sinibaldi), se dio en febrero de 1681 en Roma, en el Teatro de la Paz.

En los años ochenta varias obras de Pasquini subieron al escenario en el teatro del palacio Colonna: "La Tessalonica" (1683, drama de Nicolò Minato), "L'Arianna" (1685, texto de Cosimo Bani), probablemente "Il silenzio d’Arpocrate" (1686, texto de Minato), "I giochi troiani" (1688, texto de Carlo Sigismondo Capece) y "La caduta del regno delle Amazzoni" (1690, fiesta teatral de De Totis); las dos últimas, extraídas de comedias españolas contemporáneas, se organizaron bajo la dirección la primera del arquitecto Carlo Fontana y la segunda de su sobrino Girolamo Fontana, por voluntad del embajador español Cogolludo. El propio embajador encargó una serenata ejecutada el 25 de agosto de 1687 en la plaza de España: debió tratarse del "Applauso musicale per il giorno festivo della chiarissima reale maestà di Maria Luigia a 5 voci e archi" (Florencia, Conservatorio). Para otra ocasión político-diplomática había compuesto, en colaboración con Alessandro Melani y Alessandro Scarlatti, un acto de la 'tragedia' "Santa Dimna" del cardenal Pamphili (Palacio Pamphili, 4 de febrero de 1687, en honor del embajador del rey de Inglaterra, Escocia e Irlanda James II Estuardo).

A principios de los años noventa, Pasquini también pudo trabajar para el cardenal Pietro Ottoboni, sobrino de Alejandro VIII, componiendo el drama suyo "Il Colombo" o "L’India scoperta", puesto en escena en diciembre de 1690 en el teatro Tordinona. Es probable que al patrocinio de Ottoboni sean debidos dos dramas sacros representados en el Seminario Romano, institución de la que el cardenal era protector: "Alessio" (1690) y "Eudossia" (1692, texto de Alessandro Pollioni), esta última repuesta tres veces el mismo año en el palacio de la Cancillería. Varias obras de Pasquini fueron representadas fuera de Roma, como "L'Alcasta", "La donna ancora è fedele", "Idalma", "Il Lisimaco", "L’Eudossia", etc.

Pasquini fue despedido por el príncipe Borghese en julio de 1692, cuando decidió reducir el número de empleados; aprovechó la oportunidad para viajar a la Toscana, donde su presencia en Buggiano, en la casa del cuñado, se atestigua en un documento de fecha 15 de octubre 1692. Puede ser que este viaje haya servido para organizar una reposivión del "Tirinto" en Florencia en el teatro de los académicos Effimeri ese año. En mayo de 1693 Pasquini fue contratado al servicio estable de Marcantonio Borghese, Príncipe de Rossano, hijo de Giovan Battista: colaboró en la música para las conversaciones y las devociones en la capilla del palacio, donde, en 1694, se ejecutó un "oratorio de Santa María di Sorìa", probablemente compuesto por él, su último compromiso documentado en la casa Borghese.

Desde mediados de los años noventa, Pasquini gradualmente se retiró de las actividades que habían marcado la carrera de compositor e intérprete. En marzo de 1695 tocó por última vez como clavicordista en el oratorio del Crucifijo de San Marcello; y en la cuaresma de 1696 como organista en las cuarenta horas de San Lorenzo in Damaso, bajo el patrocinio del cardenal Ottoboni. A principios de septiembre de 1698 Pasquini fue a la Toscana, donde fue huésped del gran príncipe de Toscana, Ferdinando de 'Medici en Pratolino. En enero de 1699 estaba todavía en la Toscana, tal vez en Livorno, pero debido a la demora injustificada en el regreso a Roma fue despedido por el príncipe Borghese, irritado de que los Medicis hubieran mantenido durante muchos meses su empleado sin haberlo notificado a él. El problema se resolvió a costa de largas negociaciones llevadas a cabo por el agente de la Toscana en Roma, Antonio Maria Fede, y del soprano Francesco De Castris, hombre de confianza del gran príncipe que escribió desde Livorno, posiblemente involucrado en el teatro local de los Avvalorati en la presentación de dos obras de Scarlatti, en las que Pasquini participaba como clavecinista; finalmente terminaron en febrero de 1699 con las explicaciones ofrecidas por la corte de los Medicis a Borghese y la reasunción de Pasquini, que regresó a Roma a fines de marzo.

En la última década del siglo y los primeros años del siguiente Pasquini preparó algunos volúmenes manuscritos que contienen piezas para clave-órgano, ordenándolos de forma sistemática, con el fin de asignarlos a la formación de su sobrino Felice Bernardo Ricordati llegado a Roma a los trece años hacia 1691, así como de otros alumnos y admiradores cuyos nombres se repiten en más de un caso en el margen de las propias piezas. Entre los personajes que pudieron frecuentarlo en privado y tomar clases con él o copias de música, está el comerciante inglés Philip Weak y el noble escocés John Clerk, a quien Pasquini homenajeó con la célebre "Toccata con lo scherzo del cucco" y otras piezas incluidas en el manuscrito de Berlín.

A través de fuentes biográficas del siglo XVIII se tienen noticias de diversos músicos que fueron a Roma para estudiar con Pasquini: entre ellos Johann Philip Krieger, enviado a Roma por el margrave Cristiano Ernesto de Bayreuth en 1673, y Georg Muffat por el arzobispo de Salzburgo Massimiliano Gandolfo de Künburg en 1681-82. También Pasquini, a pesar de no haber aceptado la invitación de Leopoldo I de viajar a Viena, recibió a algunos organistas que le envió a Roma el emperador para 'aprender su estilo de tocar': entre éstos, quizás se pueda identificar a Ferdinand Tobias Richter en 1683 y Carlo Domenico Draghi en 1692.

Es recordado como un vigoroso compositor de obras para clave. Durante sus últimos años de vida fue maestro de Domenico Zipoli. Una de sus piezas para clavicordio fue transcrita para orquesta por Ottorino Respighi para su suite "Gli Uccelli". Nunca se casó. En lugar de hijos, parece haber querido mucho a su sobrino Bernardo Felice Ricordati, de Buggiano en Etruria, a quien dedicó algunas de sus obras. En octubre de 1704 Pasquini renunció como organista de Santa Maria Maggiore; en su puesto asumió de manera simultánea su alumno favorito Tommaso Bernardo Gaffi. Hay noticia de otros alumnos de Pasquini, además de Gaffi y Ricordati: Francesco Gasparini, Giuseppe Fabbrini, maestro di cappella en la catedral de Siena y Francesco Maria Ricci, organista de la catedral de Florencia.

El 26 de abril de 1706 Pasquini fue incorporado a la Academia de Arcadia con el nombre de Protico Azetiano, junto con Arcangelo Corelli y Alessandro Scarlatti. Durante la segunda estadía de Alessandro Scarlatti en Roma (1703-1708), Pasquini y Arcangelo Corelli se asociaron frecuentemente con él para interpretar música, especialmente en conexión con la Academia Arcadia. Pasquini murió en Roma y fue enterrado en la iglesia de San Lorenzo in Lucina, donde, en 1713, por encargo del sobrino Felice Bernardo Ricordati y del alumno Gaffi, el escultor Pietro Papaleo construyó un mausoleo, con busto y epígrafe, que todavía existen. Sus posesiones, incluyendo una rica colección de pinturas, se dividieron entre los sobrinos Felice Bernardo y Giovanni Francesco Ricordati. En 1923, los últimos descendientes de los Ricordati vendieron al gobierno italiano, por una suma de 2.000 libras, un lote de documentos de Pasquini y un retrato suyo, obra de Andrea Pozzo, ahora visible en el Conservatorio de Florencia.

Aunque generalmente conocido hoy en día como virtuoso del clavecín, en sus tiempos Pasquini fue un apreciado compositor de óperas, oratorios y cantatas. Para el teatro, compuso una docena de obras que abarcan un poco 'todo tipo de drama y comedia musical y, en muchos casos, circularon -así como los oratorios- incluso fuera de Roma. De gran importancia fue su actividad didáctica, que contribuyó no menos que su música a convertirlo en un verdadero mito vivo en toda Europa, al igual que Corelli. Riemann afirma que Pasquini era uno de los mejores maestros de su tiempo. Una lista imponente de alumnos corrobora esta declaración. Varias fuentes enumeran a Durante y Gasparini, Muffat, Jella Ciaia, Casini, y probablemente Alessandro Scarlatti. Su influencia se extendió por medio de sus alumnos a lo largo de Italia y en el extranjero. Gasparini enseñó a Benedetto Marcello en Venecia, y como resultado, Marcello, en sus sonatas para cémbalo fue influenciado directamente por Pasquini. Pasquini parece también haber tenido influencia en las obras de Henry Purcell. Adicional testimonio a su renombre en Inglaterra se encuentra en una carta conservada en el Museo Británico, de Nicola Francesco Haym a Humphrey Wanley.