El 8 de octubre de 1648 fue nombrado por el consejo de Chiari organista en la iglesia parroquial de los SS. Faustino y Giovita. En 1651, bajo contrato, se trasladó a Bérgamo al servicio del capítulo de la catedral, que el 4 de marzo de 1656 lo nombró organista titular y también maestro di cappella. A principios de los años sesenta cambió de puesto en Bérgamo: el 1 de septiembre de 1661 fue llamado a la basílica de Santa Maria Maggiore, donde ocupó el cargo de segundo organista. El 12 de febrero de 1664, retirado Felice Antonio Arconati del oficio de maestro di cappella, Pederzuoli y Ottavio Mazza postularon al puesto vacante: prevaleció Pederzuoli, pero al mes siguiente recibió una llamada a la corte de Viena. Atado por contrato a la basílica de Bérgamo, sólo el 4 de febrero de 1665, se le concedió una licencia.

En Viena, Pederzuoli asumió el cargo de organista en la capilla de la emperatriz viuda Eleonora II Gonzaga, reemplazando a Carlo Cappellini (pasado al servicio del emperador); y en este cargo podría hacerse apreciar como compositor. En la corte, su primera partitura conocida fue el "Oratorio della beatissima Concettione" cantado en la capilla de Eleonora para el adviento de 1667 (solo queda el libreto, Bruselas, Conservatorio Real de Música). El 15 de enero de 1669 en la iglesia de los Escoceses Pederzuoli se casó con Cecilia, hija del violinista Carlo Gorani, siendo testigos el maestro de la capilla Pietro Andrea Ziani, el contralto y compositor Sebastiano Moratelli (ambos dependientes de la emperatriz viuda) y el bajo Giacomo Muratori (al servicio del emperador).

A principios de los años setenta el salario de Pederzuoli era de 225 florines por trimestre. En el carnaval 1681 en Linz, donde la corte se reponía de una epidemia de peste, Eleonora promovió una representación de "Equivoci nel sembiante" de Alessandro Scarlatti, bajo el título "Amor non vuol inganni": Pederzuoli compuso los intermedios. A principios de 1682 su carrera llegó a la cima: la emperatriz viuda le confió la dirección de la capilla como sucesor de Antonio Draghi (que el 31 de diciembre de 1681 había sido licenciado para asumir la dirección de la capilla imperial); como Kapellmeister Pederzuoli tuvo que hacer frente a los encargos de la emperatriz viuda. Ocupó el cargo hasta la muerte de la patrona, el 6 de Diciembre de 1686. Se conservan composiciones vocales de cámara y dramas tanto sacros como profanos, casi siempre sobre versos del poeta de la corte imperial Nicolò Minato. A través de un inventario de la capilla imperial resulta además que también Pederzuoli habría compuesto música para las funciones vespertinas de la corte.

Puede haber permanecido en Viena como miembro de la Kapelle del emperador, pero sólo una obra atribuida a él, el oratorio "L'anima in transito" (1692), lleva una fecha posterior a 1686. Durante su servicio en Viena, la música en la corte de Habsburgo estaba dominada casi completamente por Draghi, pero él compuso más obras sacras dramáticas que ningún otro músico de Habsburgo de fines del siglo XVII, excepto Draghi. Proporcionó a la Kapelle de Eleonora un nuevo sepolcro (un tipo de oratorio realizado en Viena durante la Semana Santa) todos los años desde 1683 hasta 1686.

Como las obras de Draghi, sus óperas y oratorios son de un estilo bastante conservador del Barroco medio, preferido por el Emperador Leopoldo I. Sus sinfonías muestran influencia francesa y veneciana. En sus arias apelaba de vez en cuando a algún colorido instrumental raro, como tres violas en dos arias del oratorio "Sant'Elena" (1683), pero en general sólo escribía para voz y continuo. En "Sant'Elena" logró otro efecto curioso escribiendo el coro de demonios para un cuarteto de bajos.

Sus números para conjunto son normalmente más simples que los de Draghi, tal como sus recitativos, que no contienen ningún ejemplo de arioso florido. Sus melodías incluyen escritura cromática expresiva ocasional recordativa de principios del siglo XVII. Entre sus obras más pequeñas hay diez 'accademie' o cantatas filosóficas, que son los ejemplos más antiguos de este género escritos para Viena. Probablemente se tocaron en sesiones de la academia italiana fundada en Viena en 1657, de la que Eleanora, patrona de Pederzuoli y su libretista principal, Minato, eran miembros. Todas empiezan con sinfonías de cuatro partes en forma de danza.

Pensionado a la muerte de Eleonora, el músico rechazó la propuesta del lugar de nacimiento de reinstalarse en su antiguo puesto de organista. Hasta abril de 1688 ocupó su residencia vienesa, y luego se estableció en Venecia, donde estuvo activo durante el resto de sus días como profesor de música y de coro en el Ospedale degl’Incurabili. Pederzuoli murió en Venecia y fue enterrado en la Iglesia de los Incurabili, demolida en 1831. En 1699, a través de su viuda, Cecilia, su biblioteca musical privada (ahora dispersa) pasó a la comunidad de Chiari. De su música, toda manuscrita, quedan 19 obras en la Biblioteca Nacional austriaca de Viena (a él viene talvez atribuida una vigésima obra, el oratorio "San Pietro piangente" de 1665, reanudado en 1682, pero es de Marc'Antonio Ziani), los "Salmi a 8 brevi" en Brescia y un madrigal para cinco voces en Nápoles.