Hijo de Christian Schiefferdecker, Kantor, organista y maestro en Teuchern, provenía de una línea larga de ministros y músicos de la iglesia activos en Weissenfels y Zeitz desde mediados del siglo XVII. Asistió a la Leipzig Thomasschule, 1692-97; después, mientras era estudiante universitario en Leipzig, se organizaron dos de sus óperas.

En 1702 su amigo, Reinhard Keiser, quien también era de Teuchern lo llevó como clavecinista acompañante a la Ópera de Hamburgo, donde colaboró con G. Bronner y J. Mattheson en "Víctor, Hertzog der Normannen", que fue realizado para celebrar la coronación de la Reina Anne. El mismo año se representaron su "Alaricus" y una reposición de "Regnerus", originalmente escrita para Weissenfels. Desde 1707 a 1714 fue su libretista el abogado y poeta Andreas Lange.

El 23 de enero de 1707 Schiefferdecker sucedió a Dietrich Buxtehude como organista y clérigo párroco de la Marienkirche, Lübeck, después de actuar como su ayudante durante un año. De acuerdo con la costumbre local, el 5 de septiembre de 1707 se casó con la hija de su predecesor, Anna Margreta (cuatro años mayor que él).

Puesto que la importancia de Lübeck se basaba en el cultivo de la música sacra, Schiefferdecker focalisó su atención en la iglesia. Continuó la tradición de la Marienkirche inaugurada por Franz Tunder de proporcionar música sacra para la serie anual de conciertos (Abendmusiken) presentada alrededor de Adviento. A los modestos recursos existentes de un violinista y un laudista las autoridades en 1709 permitieron a Schiefferdecker agregar otro violinista. Para cada temporada desde 1707 a 1729 escribió una cantata que comprendía recitativos, solos, coros y una coral cantada por la congregación con un himno final en alabanza ya sea del gobernante o de la intercesión para el bienestar de la ciudad. Ninguna Abendmusiken se registra en 1731 o 1732. Schiefferdecker también escribió en 1744 una serie de "Geistliche Cantaten nach Ordnung der Sonn- und festtäglichen Evangelien.